1998 жыл — ҚР Үкіметінің шешімімен Көкшетау қаласына Табиғи ресурстар және ортаны қорғау Министрлігі көшірілді,2002 жылға дейін қызмет атқарды.
1998 жыл — «СейНұр» ЖШС фирмасы құрылды (басшысы-А.Х.Сейдалин).
1998 жыл — аудандық жылу бу қазандығы іске қосылды (РК-2).
1998 жыл — «Орталық базар» АҚ құрылды, сол кезде оған орталық базар мен «Шайба»киім-кешек базары кірді.
1999 жыл — Көкшетау қаласы халқының саны 132,9 мың адамды құрады.
1999 жыл – 8 сәуірде Қазақстан Республикасының Тұңғыш Президентінің Жарлығымен Ақмола облысының әкімшілік орталығы Астана қаласынан Көкшетау қаласына көшірілді: Көкшетау қайтадан облыстық орталық мәртебесіне ие болды.
1999 жыл – 5 қарашада қаланың орталық алаңында Қазақстан Республикасының Тұңғыш президенті Н.Назарбаевтың қатысуымен Абылай ханға арналған ескерткіш салтанатты түрде ашылды.
1999 жыл – Көкшетауда ұялы байланыс пайда болды. Е.Әуелбеков көшесі бойындағы типография ғимаратында «К – Mobile» компаниясының өкілдігі орналасты.