1998 год – по решению правительства РК в Кокшетау было переведено Министерство природных ресурсов и охраны окружающей среды, которое находилось здесь до 2002 года.
1998 год – создана фирма ТОО “Сейнур” (руководитель-А. Х. Сейдалин)
1998 год – введена в действие районная тепловая котельная (РК-2).
1998 год – было основано АО «Орталык базар», в которое на тот момент вошел Центральный рынок и вещевой рынок «Шайба».
1999 год – численность населения города составила 132, 9 тыс. человек.
1999 год-8 апреля указом Первого Президента Республики Казахстан административный центр Акмолинской области перенесен из г.Астаны в.г Кокшетау. Кокшетау вновь получил статус областного центра.
1999 год – 5 ноября состоялось торжественное открытие памятника Абылай – хану, на открытии памятника присутствовал первый президент Республики Казахстан Н.А. Назарбаев.
1999 год – в Кокшетау появилось первое представительство сотовой связи. Это было представительство компании «К – Mobile», расположившееся в здании типографии по ул. Ауельбекова.