1996 год – в восточной части города была построена новая мечеть им. Галыма.
1996 год – в городе был открыт Акмолинский областной казахский музыкально-драматический театр имени Ш.Хусаинова.
1996 год – 10 апреля Постановлением Правительства РК №415 создан Государственный Национальный природный парк «Кокшетау»
1996 год – на базе Кокшетауского педагогического, сельскохозяйственного институтов и филиала Карагандинского политехнического института был образован Кокшетауский государственный университет им. Ш. Уалиханова.
1997 год – В Казахстане принят Стратегический план развития страны «Казахстан – 2030».
1997 год – Указом Первого Президента страны от 3 мая этого года Кокшетауская область, в состав которой на тот момент входило 16 районов, 4 города и 10 поселков городского типа, была упразднена, территория области перешла в состав Северо-Казахстанской области. Город Кокшетау перестал быть областным центром.
1997 год – в связи с экономическими трудностями окончательно прекратил свою деятельность старейший завод города – приборостроительный (КПСЗ).
1997 год – построено здание римско-католической церкви им. Святого Антония по ул.Акана-сере.